I. 背景 | |
Middle East Respiratory Syndrome (MERS) 于2012年在沙特阿拉伯首次報(bào)道,此后已傳播到包括美國在內(nèi)的其他幾個(gè)國家。大多數(shù)感染了MERS-CoV的人都出現(xiàn)了嚴(yán)重的呼吸系統(tǒng)疾病,包括發(fā)燒,咳嗽和呼吸急促。他們中許多人已經(jīng)死亡。MERS屬于一種冠狀病毒,是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒,對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)示意圖如下:
根據(jù)CDC和WHO的介紹,針對(duì)MERS的核酸診斷一般是針對(duì)RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene upE/E, Gene S更多用于對(duì)應(yīng)藥物和疫苗的開發(fā)。NCBI收錄序列為NC_019843.3,全長30119bp,基因編碼4個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白:S,M,N和E。 以往針對(duì)試劑盒檢測限的性能評(píng)價(jià),一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標(biāo)準(zhǔn)品,用于性能評(píng)價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定,首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA,一般是很純,單一,不涉及提取,不符合臨床病毒的微環(huán)境,因此必然造成檢測靈敏度被高估,這也是存在高概率假陰性的主要原因;再次臨床陽性病毒,即使是滅活的病毒,也是存在很大的生物安全隱患,因此要求實(shí)驗(yàn)室級(jí)別為P3-P4,大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求,另外臨床陽性病毒也是來源很有限,不能被穩(wěn)定供應(yīng),反復(fù)用于試劑盒的性能評(píng)價(jià)。 |
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II.產(chǎn)品描述 | |
有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu),有MERS對(duì)應(yīng)的核酸序列,但是生物安全風(fēng)險(xiǎn)較低的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品,完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標(biāo)準(zhǔn)品的缺點(diǎn),非常適合用于核酸診斷性能評(píng)價(jià)的標(biāo)準(zhǔn)品。 構(gòu)建過程:MERS基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(ddPCR) |
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III. 產(chǎn)品介紹 | |
產(chǎn)品名稱: | MERS-Panel2 Pseudovirus Standard Reference |
對(duì)應(yīng)序列(詳情見附錄): |
ORF1ab/RdRP(2798bp)、Gene N(1242bp) |
產(chǎn)品規(guī)格: | 1ml |
拷貝數(shù): | |
生物安全級(jí)別: | P2 |
運(yùn)輸與保存方式: | 干冰運(yùn)輸,-90 ~ -70°C保存 |
有效期: | |
IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
產(chǎn)品用途: | MERS診斷試劑盒性能評(píng)價(jià) |
產(chǎn)品優(yōu)勢: | • MERS的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品,區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽性活病毒,完美克服兩者的缺點(diǎn),真正適合用于試劑盒的性能評(píng)價(jià),包含檢測限、特異性,重復(fù)性等;
• 根據(jù)MERS冠狀病毒的特點(diǎn),選取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計(jì)3個(gè)區(qū)段的序列,用于假病毒的包裝,3個(gè)區(qū)段很好的表征了MERS的特征序列; • 科佰生物設(shè)計(jì)了ddPCR體系的引物、探針序列,可不需要構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下完成對(duì)假病毒的QC拷貝數(shù)檢測,非常準(zhǔn)確表征標(biāo)準(zhǔn)品的拷貝數(shù),而且克服了Q-PCR分析CT值的相對(duì)判斷標(biāo)準(zhǔn)的不準(zhǔn)確性; • 假病毒標(biāo)準(zhǔn)品,無致病性,可再生,質(zhì)控方法可靠,批次間穩(wěn)定,可以長期穩(wěn)定制備和供應(yīng),而且要求實(shí)驗(yàn)室生物安全級(jí)別為P2,滿足很多單位的安全需求。 |
Ⅴ. 附錄 | |
ORF1ab/RdRP: TCTAAAGATTCCAATTTTTTAAACGAGTCCGGGGTTCTATTGTAAATGCCCGAATAGAACCCTGTTCAAGTGGTTTGTCCACTGATGTCGTCTTTAGGGCATTTGACATCTGCAACTATAAGG CTAAGGTTGCTGGTATTGGAAAATACTACAAGACTAATACTTGTAGGTTTGTAGAATTAGATGACCAAGGGCATCATTTAGACTCCTATTTTGTCGTTAAGAGGCATACTATGGAGAATTATG AACTAGAGAAGCACTGTTACGACTTGTTACGTGACTGTGATGCTGTAGCTCCCCATGATTTCTTCATCTTTGATGTAGACAAAGTTAAAACACCTCATATTGTACGTCAGCGTTTAACTGAGT ACACTATGATGGATCTTGTATATGCCCTGAGGCACTTTGATCAAAATAGCGAAGTGCTTAAGGCTATCTTAGTGAAGTATGGTTGCTGTGATGTTACCTACTTTGAAAATAAACTCTGGTTTG ATTTTGTTGAAAATCCCAGTGTTATTGGTGTTTATCATAAACTTGGAGAACGTGTACGCCAAGCTATCTTAAACACTGTTAAATTTTGTGACCACATGGTCAAGGCTGGTTTAGTCGGTGTGC TCACACTAGACAACCAGGACCTTAATGGCAAGTGGTATGATTTTGGTGACTTCGTAATCACTCAACCTGGTTCAGGAGTAGCTATAGTTGATAGCTACTATTCTTATTTGATGCCTGTGCTCT CAATGACCGATTGTCTGGCCGCTGAGACACATAGGGATTGTGATTTTAATAAACCACTCATTGAGTGGCCACTTACTGAGTATGATTTTACTGATTATAAGGTACAACTCTTTGAGAAGTACT TTAAATATTGGGATCAGACGTATCACGCAAATTGCGTTAATTGTACTGATGACCGTTGTGTGTTACATTGTGCTAATTTCAATGTATTGTTTGCTATGACCATGCCTAAGACTTGTTTCGGAC CCATAGTCCGAAAGATCTTTGTTGATGGCGTGCCATTTGTAGTATCTTGTGGTTATCACTACAAAGAATTAGGTTTAGTCATGAATATGGATGTTAGTCTCCATAGACATAGGCTCTCTCTTA AGGAGTTGATGATGTATGCCGCTGATCCAGCCATGCACATTGCCTCCTCTAACGCTTTTCTTGATTTGAGGACATCATGTTTTAGTGTCGCTGCACTTACAACTGGTTTGACTTTTCAAACTG TGCGGCCTGGCAATTTTAACCAAGACTTCTATGATTTCGTGGTATCTAAAGGTTTCTTTAAGGAGGGCTCTTCAGTGACGCTCAAACATTTTTTCTTTGCTCAAGATGGTAATGCTGCTATTA CAGATTATAATTACTATTCTTATAATCTGCCTACTATGTGTGACATCAAACAAATGTTGTTCTGCATGGAAGTTGTAAACAAGTACTTCGAAATCTATGACGGTGGTTGTCTTAATGCTTCTG AAGTGGTTGTTAATAATTTAGACAAGAGTGCTGGCCATCCTTTTAATAAGTTTGGCAAAGCTCGTGTCTATTATGAGAGCATGTCTTACCAGGAGCAAGATGAACTTTTTGCCATGACAAAGC GTAACGTCATTCCTACCATGACTCAAATGAATCTAAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTTGCAGGCGTGTCCATACTTAGCACAATGACTAATCGCCAGTACCATCAGA AAATGCTTAAGTCCATGGCTGCAACTCGTGGAGCGACTTGCGTCATTGGTACTACAAAGTTCTACGGTGGCTGGGATTTCATGCTTAAAACATTGTACAAAGATGTTGATAATCCGCATCTTA TGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGATAGAGCTATGCCTAATATGTGTAGAATCTTCGCTTCACTCATATTAGCTCGTAAACATGGCACTTGTTGTACTACAAGGGACAGATTTTATCGCTTGG CAAATGAGTGTGCTCAGGTGCTAAGCGAATATGTTCTATGTGGTGGTGGTTACTACGTCAAACCTGGAGGTACCAGTAGCGGAGATGCCACCACTGCATATGCCAATAGTGTCTTTAACATTT TGCAGGCGACAACTGCTAATGTCAGTGCACTTATGGGTGCTAATGGCAACAAGATTGTTGACAAAGAAGTTAAAGACATGCAGTTTGATTTGTATGTCAATGTTTACAGGAGCACTAGCCCAG ACCCCAAATTTGTTGATAAATACTATGCTTTTCTTAATAAGCACTTTTCTATGATGATACTGTCTGATGACGGTGTCGTTTGCTATAATAGTGATTATGCAGCTAAGGGTTACATTGCTGGAA TACAGAATTTTAAGGAAACGCTGTATTATCAGAACAATGTCTTTATGTCTGAAGCTAAATGCTGGGTGGAAACCGATCTGAAGAAAGGGCCACATGAATTCTGTTCACAGCATACGCTTTATA TTAAGGATGGCGACGATGGTTACTTCCTTCCTTATCCAGACCCTTCAAGAATTTTGTCTGCCGGTTGCTTTGTAGATGATATCGTTAAGACTGACGGTACACTCATGGTAGAGCGGTTTGTGT CTTTGGCTATAGATGCTTACCCTCTCACAAAGCATGAAGATATAGAATACCAGAATGTATTCTGGGTCTACTTACAGTATATAGAAAAACTGTATAAAGACCTTACAGGACACATGCTTGACA GTTATTCTGTCATGCTATGTGGTGATAATTCTGCTAAGTTTTGGGAAGAGGCATTCTATAGAGATCTCTATAGTTCGCCTACCACTTTGCAG
Gene N: ATGGCATCCCCTGCTGCACCTCGTGCTGTTTCCTTTGCCGATAACAATGATATAACAAATACAAACCTATCTCGAGGTAGAGGACGTAATCCAAAACCACGAGCTGCACCAAATAACACTGTC TCTTGGTACACTGGGCTTACCCAACACGGGAAAGTCCCTCTTACCTTTCCACCTGGGCAGGGTGTACCTCTTAATGCCAATTCTACCCCTGCGCAAAATGCTGGGTATTGGCGGAGACAGGAC AGAAAAATTAATACCGGGAATGGAATTAAGCAACTGGCTCCCAGGTGGTACTTCTACTACACTGGAACTGGACCCGAAGCAGCACTCCCATTCCGGGCTGTTAAGGATGGCATCGTTTGGGTC CATGAAGATGGCGCCACTGATGCTCCTTCAACTTTTGGGACGCGGAACCCTAACAATGATTCAGCTATTGTTACACAATTCGCGCCCGGTACTAAGCTTCCTAAAAACTTCCACATTGAGGGG ACTGGAGGCAATAGTCAATCATCTTCAAGAGCCTCTAGCTTAAGCAGAAACTCTTCCAGATCTAGTTCACAAGGTTCAAGATCAGGAAACTCTACCCGCGGCACTTCTCCAGGTCCATCTGGA ATCGGAGCAGTAGGAGGTGATCTACTTTACCTTGATCTTCTGAACAGACTACAAGCCCTTGAGTCTGGCAAAGTAAAGCAATCGCAGCCAAAAGTAATCACTAAGAAAGATGCTGCTGCTGCT AAAAATAAGATGCGCCACAAGCGCACTTCCACCAAAAGTTTCAACATGGTGCAAGCTTTTGGTCTTCGCGGACCAGGAGACCTCCAGGGAAACTTTGGTGATCTTCAATTGAATAAACTCGGC ACTGAGGACCCACGTTGGCCCCAAATTGCTGAGCTTGCTCCTACAGCCAGTGCTTTTATGGGTATGTCGCAATTTAAACTTACCCATCAGAACAATGATGATCATGGCAACCCTGTGTACTTC CTTCGGTACAGTGGAGCCATTAAACTTGACCCAAAGAATCCCAACTACAATAAGTGGTTGGAGCTTCTTGAGCAAAATATTGATGCCTACAAAACCTTCCCTAAGAAGGAAAAGAAACAAAAG GCACCAAAAGAAGAATCAACAGACCAAATGTCTGAACCTCCAAAGGAGCAGCGTGTGCAAGGTAGCATCACTCAGCGCACTCGCACCCGTCCAAGTGTTCAGCCTGGTCCAATGATTGATGTT AACACTGATTAG |