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2019-nCov-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference

CBV30001

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留 言
產(chǎn)品描述
產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫

 

I. 背景

2019-nCov作為一種新型冠狀病毒,是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒,該病毒采集自不同地區(qū)患者的病毒樣本相關(guān)序列也已發(fā)布至2019新型冠狀病毒信息庫(https://bigd.big.ac.cn/ncov)。NCBI收錄序列為NC_045512.2,全長29903bp,基因編碼4個結(jié)構(gòu)蛋白:S,M,N和E。

為了滿足臨床診斷的需要,截止目前,國家已經(jīng)緊急批準了幾款核酸診斷試劑盒上市,用于臨床診斷,其中多數(shù)都是采用RT-PCR的方法,多日的臨床檢測結(jié)果顯示,該診斷存在高比例的假陰性問題,往往需要多次的檢測,才能被最終驗證,同時科技部也是應(yīng)急征集除普通實時定量熒光PCR外快速診斷產(chǎn)品,理論上ddPCR、NGS、三代測序都能更好的檢測病毒,同時監(jiān)控病毒的變異。

不管是哪一類產(chǎn)品,試劑盒的檢測限問題,是造成假陰性的最大根源,因此針對診斷產(chǎn)品的檢測限,我們需要認真做每款試劑盒的性能評價。以往針對檢測限的性能評價,一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品,用于性能評價。但是兩者都具有很明顯的確定,首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA,一般是很純,單一,不涉及提取,不符合臨床病毒的微環(huán)境,因此必然造成檢測靈敏度被高估,這也是存在高概率假陰性的主要原因;再次臨床陽性病毒,即使是滅活的病毒,也是存在很大的生物安全隱患,因此要求實驗室級別為P3-P4,大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求,另外臨床陽性病毒也是來源很有限,不能被穩(wěn)定供應(yīng),反復(fù)用于試劑盒的性能評價。

 
II.產(chǎn)品描述

有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu),有2019-nCov對應(yīng)的核酸序列,但是生物安全風(fēng)險較低的假病毒標準品,完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品的缺點,非常適合用于核酸診斷新型冠狀病毒2019-nCov

構(gòu)建過程:2019-nCov基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(ddPCR)

 
III. 產(chǎn)品介紹
產(chǎn)品名稱: 2019-nCov-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference
對應(yīng)序列(詳情見附錄):

ORF1ab/RdRP(2995bp)

產(chǎn)品規(guī)格: 1ml
拷貝數(shù):  
生物安全級別: P2
運輸與保存方式: 干冰運輸,-90 ~ -70°C保存
有效期:  
 
IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢
產(chǎn)品用途: 2019-nCov核酸診斷試劑盒性能評價
產(chǎn)品優(yōu)勢: • 2019-nCov的假病毒標準品,區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽性活病毒,完美克服兩者的缺點,真正適合用于試劑盒的性能評價,包含檢測限、特異性,重復(fù)性等;

• 根據(jù)新型冠狀病毒的特點,選取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)、Gene S、Gene M 5個區(qū)段的序列,用于假病毒的包裝,5個區(qū)段很好的表征了2019-nCov的特征序列;

• 科佰生物設(shè)計了ddPCR體系的引物、探針序列,可不需要構(gòu)建標準曲線的前提下完成對假病毒的QC拷貝數(shù)檢測,非常準確表征標準品的拷貝數(shù),而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性;

• 假病毒標準品,無致病性,可再生,質(zhì)控方法可靠,批次間穩(wěn)定,可以長期穩(wěn)定制備和供應(yīng),而且要求實驗室生物安全級別為P2,滿足很多單位的安全需求。

 
Ⅴ. 附錄

ORF1ab/RdRP:

GTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTACAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAA

ACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGC

AGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCTACAATGATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCA

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AAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCACGGAAGAGAGGTTAAAACTCTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTGGA

TGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAAC

TGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGG

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GGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAG

ACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAA

ATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAG

TGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAGACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGG

AACAAGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGTGATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAG

AATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTCACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTC

ACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA

CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTTCTC

AATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTC

TGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAAG

AATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTA

TGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATTGGGAACC

TGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAG

 

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